我国目前建立的自然保护区的主要类型有：
（1）反映大陆自然地带性规律类型的自然保护区湿润寒温带自然保护区，（如大兴安岭的呼中自然保护区）；
湿润中温带自然保护区，（如长白山自然保护区）；
湿润暖温带自然保护区，（如太白山自然保护区）；
湿润北亚热带自然保护区，（如神农架自然保护区）；
湿润中亚热带自然保护区，（如五夷山自然保护区）；
湿润南亚热带自然保护区，（如鼎湖山自然保护区）；
湿润边缘热带自然保护区，（如小勐养自然保护区）；
湿润中热带自然保护区，（如尖峰岭自然保护区）；
干旱中温带自然保护区，（如贺兰山自然保护区）；
干旱暖温带自然保护区，（如托木尔自然保护区）；
青藏高原温带自然保护区，（如波密岗乡自然保护区）。
（2）特殊水域类自然保护区滨海特殊水域类自然保护区，（如台湾花东沿海自然保护区）；
大陆特殊水域自然保护区，（如贵州的草海自然保护区）。
（3）植物类自然保护区珍稀濒危植物自然保护区，（如花坪银杉自然保护区）；
典型植被自然保护区，（如塔里木胡杨林自然保护区）；
重要次生植被自然保护区，（如六连岭热带次生林自然保护区）；
水源涵养林自然保护区，（如十万大山水源涵养林自然保护区）。
（4）动物类自然保护区珍稀濒危动物自然保护区，（如卧龙大熊猫自然保护区）；
特殊动物群体自然保护区，（如老铁山蛇岛自然保护区）；
珍禽与候鸟栖息地自然保护区，（如青海鸟岛自然保护区）。
（5）古生物遗迹自然保护区重要生物化石集中地自然保护区，（如山旺万卷生物化石集中地自然保护区）。
（6）地质作用遗迹类自然保护区典型地区剖面自然保护区，（如蓟县中、上元古界地层剖面自然保护区）；
火山遗迹自然保护区，（如五大莲池火山遗迹自然保护区）；
特殊地貌自然保护区，（如天津贝壳堤古海岸遗迹自然保护区）。
（7）自然风景类自然保护区自然风景自然保护区，（如九寨沟自然风景自然保护区）。
（8）植物种植类自然保护区植物种子基地自然保护区，（如昌图县樟子松种子林自然保护区）；
草原自然保护区，（如内蒙古锡林郭勒草原自然保护区）；
治沙植被自然保护区，（如沙坡头治沙植被自然保护区）。
（9）动养殖类自然保护区特殊昆虫自然保护区，（如伊犁黑蜂自然保护区）。